Fernando Domínguez es, actualmente, el principal exponente del repertorio contemporáneo para clarinete en México. Su interés por este género lo ha llevado a colaborar de manera muy cercana con la mayor parte de los compositores mexicanos, quienes le han dedicado obras, tal es el caso de Ignacio Baca-Lobera, Eugenio Toussaint, Juan Trigos, Carlos Sánchez Gutiérrez, Hébert Vázquez, etc. En su repertorio, incluye obras de Franco Donatoni, Brian Ferneyhough, Helmut Lachenmann, Pierre Boulez, Isang Yun, Eliott Carter, entre otros.

Se presenta regularmente en los ciclos dedicados a la música contemporánea, tales como, el Foro Internacional de Música Nueva “Manuel Enríquez”, Ciclo de Música Contemporánea del Festival Internacional Cervantino, Festival Radar, etc. También, se ha presentado en el Festival de Música Contemporánea de La Habana, en el ciclo “Encuentro con México” en Bogotá, así como, en Estados Unidos, Canadá y China. Asimismo, es clarinetista de los grupos de cámara más reconocidos en el medio musical: Duplum, Quinteto de Alientos de la Ciudad de México y ÓNIX Ensamble. Con estos grupos ha grabado nueve discos compactos para los sellos URTEXT y Quendicim, dedicados en su totalidad a la música del siglo XX.

Como solista, ha actuado con la Orquesta Sinfónica Vida y Movimiento, Orquesta de Cámara de la Escuela Nacional Preparatoria, Orquesta Sinfónica del Instituto Politécnico Nacional, Orquesta de Cámara de Bellas Artes, Orquesta Sinfónica Carlos Chávez, Orquesta Filarmónica de la Universidad Nacional Autónoma de México (OFUNAM), Orquesta Sinfónica de Yucatán. Orquesta Sinfónica de la Universidad de Guanajuato, Orquesta Sinfónica de Oaxaca  y Orquesta Juvenil del Estado de México.

En los años 2002 y 2004 participó en el curso de música contemporánea en Darmstadt, Alemania (Ferienkurse für neue musik Darmstadt), y ha sido becario del FONCA en las modalidades de estudios en el extranjero y ejecutantes. Ha sido miembro del jurado de la comisión dictaminadora de los Apoyos para estudios en el extranjero del FONCA. Es egresado del Conservatorio Estatal de Viena, donde fue alumno de Roger Salander. Posteriormente, realizó una especialización en clarinete bajo y música contemporánea con Harry Sparnaay en el Conservatorio Sweelinck de Ámsterdam, Holanda. En 2011, obtuvo la licenciatura otorgada por la Escuela Nacional de Música de la UNAM.

Del año 1999 al 2004, fue maestro del taller de clarinete del Colegio Cedros (Universidad Panamericana), dirigido a niños y adolescentes. A partir del año 2000, se ha desempeñado como maestro de clarinete en los niveles Propedéutico y Licenciatura de la Escuela Nacional de Música de la UNAM. Desde el año 2005 es maestro de Música de Cámara de la  Escuela de Música Vida y Movimiento del Conjunto Cultural Ollin Yoliztli. Además, realiza de manera habitual, cursos y diplomados dirigidos a estudiantes de composición sobre la técnica y escritura contemporánea para clarinete en las escuelas profesionales del país. Es artista Vandoren Paris. Fernando Domínguez, hoy en día, es artista integrante de Ónix Ensamble, agrupación que recibe el apoyo del programa México en Escena, otorgado por el Fondo Nacional para la Cultura y las Artes.